Pier Antonio Micheli nacque a Firenze nel dicembre del 1679. Le sue origini erano modeste e dopo un’istruzione di base, fu indirizzato da suo padre Pier Francesco al lavoro presso una bottega che vendeva libri di proprietà di Ottavio Felice Bonaiuti. Grazie alla sua occupazione, Pier Antonio Micheli poté accedere, da autodidatta, alla conoscenza di vari argomenti e soprattutto ebbe modo di avvicinarsi allo studio della botanica, che lo appassionò. Divenne allievo dell’abate e botanico vallombrosano Virgilio Falugi. In quel periodo entrò in contatto con monaci e botanici e con Bruno Tozzi, che fu determinante per il suo percorso formativo. Grazie all’interessamento di Tozzi, Pier Antonio Micheli venne in contatto con l’ambiente scientifico e culturale della Firenze dell’epoca. Incontrò Filippo Buonarroti, Lorenzo Malagoti e Giuseppe Del Papa, che era il medico personale del Granduca Cosimo III. Pier Antonio Micheli giocò bene le sue carte e,  con la sua competenza, fece colpo sul Granduca Cosimo III, che, nel 1706, lo nominò aiuto del custode del Giardino de’ Semplici di Pisae Firenze, che fino ad oggi pensavo fosse solo un complesso musicale degli anni settanta. Pier Antonio Micheli poté, grazie ai fondi messi a disposizione dal granducato, dedicarsi alla ricerca e lo studio delle varie piante, che, poi , sarebbe state esposte nei giardini dei palazzi fiorentini. In quegli anni Pier Antonio Micheli compì vari viaggi nelle regioni italiane alla spasmodica ricerca di nuove specie di piante da classificare. Visitò anche i territori dell’Impero Asburgico e si fermò a Roma per comprendere i segreti della fabbricazione della latta. Micheli percorse tutte le strade e le campagne del Regno di Napoli. Dedicò una nuova pianta al suo mentore Bruno Tozzi chiamandola: Tozzia. Il suo impegno come impiegato granducale presso il giardino dei Semplici di Pisa e Firenze, gli permise di allacciare rapporti con gli orti botanici in Italia e all’estero. Nel 1716 fondò, assieme a Niccolò Gualtieri, Gaetano Moniglia e Sebastiano Franchi, la Società Botanica Fiorentina, che divenne un punto di riferimento e antesignana dell’attuale Società Botanica Italiana. Nel 1718, la società fondata da Pier Antonio Micheli ottenne dal Granduca Cosimo III, la gestione del Giardino dei Semplici di Firenze e lo stesso Micheli fu nominato direttore. Pubblicò un libro che aveva un titolo degno di Lina Wertmuller: Relazione dell’erba detta da botanici orobanche e volgarmente succiamele e mal d’occhio, che da molti anni in qua si è soprammodo propagata per tutta la Toscana. Mancava solo da anomala passione ed era completo. In ogni caso la pubblicazione fu propedeutica per generazioni di botanici che sarebbero venuti in seguito. Come direttore del Giardino dei Semplici ampliò la classificazione delle varie specie botaniche, viaggiando per tutta la penisola italiana su commissione del granducato, che teneva molto al suo giardino unico in tutta l’Europa del tempo. Pier Antonio Micheli pubblicò il Nova plantarum, e vi risparmio il resto del titolo sempre in zona Wertmuller.

Si trattava di un volume di grande pregio, con una veste grafica moderna e di fondamentale importanza per gli studiosi botanici, una vera pietra miliare della botanica e lo studio delle crittogame, vale a dire tutti i vegetali con organi riproduttivi non palesi, come le alghe e soprattutto i funghi. Le osservazioni al microscopio e la catalogazione delle varie specie, fu un lavoro lungo e minuzioso fatto con grande passione da Pier Antonio Micheli. La moderna micologia si basa sugli studi delle plantae imperfectae che fece Micheli nel corso della sua vita. Così possiamo affermare per le scoperte sulle piante marine, che chiamiamo alghe in generale, ma che hanno varie specie e sottospecie. Durante i suoi viaggi intrapresi con qualsiasi condizione atmosferica, Pier Antonio Micheli si ammalò, presumibilmente sul Monte Baldo. Fu colpito da una polmonite nel dicembre del 1736 che lo condusse alla morte il 2 gennaio del 1737. La sua salma non ebbe molta pace. Fu collocata nella chiesa di Santa Maria Degli Alberighi, in attesa della sepoltura in quella di Santa Croce. Per circostanze misteriose si persero le tracce del corpo del grande botanico. La Società Botanica Fiorentina gli celebrò un funerale solenne nel 1735. Successivamente il granducato lo omaggiò con una statua nella Basilica di Santa Croce, che purtroppo non ricorda le sembianze di Micheli. Dopo oltre un secolo, il museo  degli Uffizi fece collocare, al suo interno, una scultura, opera di Vincenzo Consani, che rappresenta Pier Antonio Micheli intento ad esaminare una pianta, nella posa che è stata la sua ragione di vita.